Marcinkowski zmarł w Dąbrówce Lutomskiej. Osłabiony gruźlicą "wywieźć się kazał" tam w lipcu 1846 r., by zamieszkać u przyjaciela Wiktora Łakomickiego. W testamencie z sierpnia zapisał: "...z reszty opłacić pogrzeb, którego koszta mają być jak przy ubogim człowieku. Byłem całe życie nieprzyjaznym okazałościom pogrzebowym, razi mnie dreszcz, kiedy myślę, że mogliby mnie z pompą pochować. Trumna ordynaryjna, czecheł, zwyczajne pokładne, koszta wywiezienia i zagrzebania, bez tego się obejść nie można, ale też żądam, żeby nic więcej nie było. Zachować ciało prosto w ziemię, gdzie kolej wypadnie, nie kłaść żadnego znaku na grobie...".

11 listopada 1846 r. o godz. 11 z Dąbrówki wyruszył kondukt pogrzebowy, który prowadził arcybiskup Leon Przyłuski w towarzystwie duchownych trzech wyznań - co najlepiej świadczy o powszechnym szacunku, który go otaczał. Motty tak wspominał ten dzień: "Ciało jego (Marcinkowskiego) przybyło w bardzo skromnej trumnie do Poznania; wieziono je przez Śródkę i Chwaliszewo, gdzie w każdym niemal domku biedaków leczył i wspierał; wieziono go wzdłuż Bazaru, który założył. (...) tysiące ludzi z miasta i ze wsi szło za nim, nawet tłumy Niemców (...), bo go szanowano i kochano powszechnie, bez różnicy stanu i narodowości".

Podczas przejazdu trumny przez Stary Rynek, dalej ul. Nową, al. Wilhelmowską i Świętym Marcinem panowała przejmująca cisza. Słychać było tylko bicie kościelnych dzwonów i śpiewy. Trumnę nieśli na zmianę przedstawiciele chłopów, mieszczan i szlachty. W pochodzie szli przedstawiciele władz cywilnych i wojskowych oraz cechów, ze sztandarami przewiązanymi czarnymi szarfami, niesiono pochodnie.

Pochód, liczący ok. 20 tys. osób, dotarł po godz. 16 do nieistniejącego już cmentarza Świętomarcińskiego, gdzie pochowano Marcinkowskiego. Nad grobem nie wygłoszono żadnego przemówienia.

Na pogrzeb, który stał się manifestacją patriotyczną, wydano - trochę wbrew intencjom doktora - ponad 150 talarów (pensja nauczyciela była w tym czasie niższa od 200 talarów).

Ostatni list Marcinkowski napisał 8 września 1846 r. do Macieja Mielżyńskiego, z którym się przyjaźnił. Jako lekarz wiedział, że jest z nim już bardzo źle. Ale umierał młodo: "No, Panie Macieju, tylko łeb do góry - przejdziemy przez ten świat jak pielgrzymi przez puszczę, wiatr za nami wszelki ślad stóp naszych zasypie. A smutno wspomnieć, że byłby się człowiek mógł na coś przydać".

Z inicjatywy Macieja Mielżyńskiego na miejscu, gdzie pochowano doktora Marcinkowskiego, położony został, wbrew ostatniej woli doktora Marcina, granitowy kamień.

Daina Kolbuszewska